ONSSI株式会社のタンパク質解析受託サービスについて

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アライアンス / パートナリングアライアンス / パートナリング

ゲルで分離したタンパク質バンドのゲル片中のタンパク質同定

お客様にて電気泳動とゲルの染色を行って頂きます。
染色後、SDS-PAGEのゲルから目的のバンドあるいは二次元電気泳動のゲルから目的のスポットを切り出してチューブに入れて頂き、弊社まで冷蔵で輸送して頂きます。弊社にてサンプルを受け取り後、脱色、トリプシンを用いたゲル内酵素消化、ナノLC-MS/MS解析を行います。弊社では質量分析計はLTQ Orbitrap XL(Thermo Fisher Scientific)、HPLCはParadigm(AMR)を用いています。
質量分析計により得られたデータはProteome discoverer ver1.3(サーチエンジンはMASCOTを使用)によって解析することでタンパク質を同定します。
解析結果をメールにて送付致します。

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注意点

  • ゲル染色の際は、グルタルアルデヒド(架橋性固定剤)を含む銀染色キットを用いますとタンパク質に化学的修飾が生じてしまうため、トリプシンによるタンパク質の消化効率が著しく低下します。そのため、グルタルアルデヒド含まないMS解析用グレード(銀染色MSキット、富士フイルム和光純薬 、型番299-58901)のご使用を指定させて頂きます。切り出したゲル片につきましては弊社で脱色を行いますので、お客様での脱色作業は不要です。
  • 銀染色MSキットで染色したゲルは、バンドを切り出す前に写真撮影をお願いします。また、ゲルから切り出したバンドの位置情報を写真に記載することをお願いします。銀染色での染色強度が極端に低いサンプルは弊社にて分析をお断りさせて頂く場合がございますので、その際はご了承のほどよろしくお願い致します。
  • ゲル片を入れるチューブはエッペンドルフ社製のSafe-LockTubes 1.5 ml, Order no:0033 120.086のご使用を指定させて頂きます。分析に必要な必要な本数をご連絡頂けましたら弊社から輸送も可能です。
  • 質量分析は高感度でありますので、サンプル調製中にケラチンなどのコンタミネーションにご注意ください。コンタミネーションしますと、質量分析を用いた解析でケラチンなどのタンパク質が同定され、その結果、目的タンパク質が同定されにくくなります。質量分析計による測定を行うためのサンプル調製は、作業時に常にゴム手袋を着用するなどケラチンなどのコンタミネーションが起きないようにご注意をお願い致します。
    また、電気泳動を行う際は、プレキャストゲルを使用されることを推奨します。電気泳動や染色、ゲル切り出しに用いる器具類をよく洗浄することで、ケラチンなどのコンタミネーション防止にご協力をお願いします。冬季の乾燥する時期は、静電気によるウール製品からのコンタミネーションも起こりえますので、コンタミネーションしないようにご注意ください。

ショットガン解析

組織・細胞や培養上清などから抽出した粗精製タンパク質画分に対して、質量分析計を用いて、発現しているタンパク質を網羅的に同定する分析方法です。目的とするサンプル中に存在するタンパク質について一度の分析で網羅的に解析したい場合や、タンパク質複合体のコンポーネントを明らかにしたい場合などに有効です。目安として、一度の解析で、数100~2,000個程度のタンパク質を同定することが可能です。

サービス内容

サンプル前処理

  • 組織等からのタンパク質抽出・精製
  • タンパク質定量
  • 酵素消化・脱塩・精製
  • ナノLC-MS/MS分析
    質量分析計:LTQ Orbitrap XL(Thermo Fisher Scientific)、HPLC:Paradigm(AMR)
  • データ解析:Proteome discoverer ver1.3(サーチエンジンはMASCOTを使用)
    解析結果(同定タンパク質リスト)をメールにて送付致します。

サンプルについて

  • 必要サンプル量:タンパク質10μg以上
  • 推奨サンプル形態:組織、細胞、血清、培養上清、抽出液

*抽出液の場合は溶液量として数十μLから数百μL以内でご提供ください。溶液量はタンパク質濃度に依存しますので、詳細は解析前にご相談ください。
*組織片の場合、数mm角程度、培養細胞の場合は細胞数106個程度を目安にご準備頂けましたら弊社にてタンパク質抽出から行います。
*注意点:ショットガン法では高濃度に存在するタンパク質の同定をスクリーニングする事に適していますが、高濃度に存在するタンパク質とともに存在する微量タンパク質の検出には適していないです。

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